2015 yılının 20 Şubat gününde Ege Üniversitesi'nde Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü dördüncü sınıf öğrencisi olan Çakıroğlu, bir tartışma esnasında yaşamını yitirdi ve bu olay sırasında yedi kişi de yaralandı. Çakıroğlu'nun bıçaklanarak öldürülmesiyle suçlanan Sosyoloji Bölümü dördüncü sınıf öğrencisi Nurullah Semo tutuklandı ve "kasıtlı adam öldürme" ile "devletin birliği ve ülkenin bütünlüğüne karşı işlenen suçlar" nedeniyle iki kez ağırlaştırılmış ömür boyu hapis cezasına çarptırıldı. Bu karar, Yargıtay'ın 16. Ceza Dairesi tarafından da onaylandı.
O anlarda Semo'nun yanında bulunan ve suikasta katıldığı iddia edilen Cihat Babatonguz aleyhinde de yasal işlemler başlatıldı. İzmir 18. Ağır Ceza Mahkemesi, 27 Ocak tarihinde Babatonguz'u "devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozmak" ile "terör örgütü eylemleri arasında yer alan kasıtlı adam öldürme" suçlarından iki kez ağırlaştırılmış ömür boyu hapis ve terör örgütü adına suç işlemekten dolayı on beş yıl hapis cezasına mahkum etti. Bu hüküm, itiraz mahkemesi tarafından da hukuka uygun bulundu.
Fırat Çakıroğlu'nun trajik kaybı ile ilgili duygularını ifade eden İbrahim Murat Gündüz, Fırat'ın cennette olduğuna ve hem yüreklerde hem de ilahi adalet önünde bir şehit olduğuna inandığını dile getirdi. İbrahim Murat Gündüz, İzmir'de Çakıroğlu ailesinin yanında duran ülküdaşlarına içten teşekkürlerini sunarken, gençlerin Fırat'ın izinden giderek hem eğitimlerine hem de ailelerine bağlı kalmaları gerektiğini, vatanlarını zaten koruyacaklarına olan inancını belirtti.