Bayrakların toplanması ve yok edilmesi ilgili yönetmeliğin 5. ve 6. maddelerinde açıkça belirtilmiştir.Bu maddelere göre eskimiş, solmuş, yırtılmış ve kullanılamayacak duruma gelmiş olan bayrakları elinde bulunduran gerçek veya tüzel kişiler ile resmi kurum ve kuruluşlar bu bayrakları ilçelerde kaymakamlığa, illerde valiliğe, yurt dışında büyükelçilik veya başkonsolosluklara teslim etmeleri gerekiyor. Valiliklerde toplanan bayrakları yok etme işlemi ise valinin belirleyeceği üç kişilik bir komisyonun gözetiminde, ay-yıldız ile kırmızı kumaşların kesilerek ayrılmasından sonra kırpma makinesinde veya kapalı alanda yakılmak suretiyle yapılıyor. 

Yurt dışında yok etme işlemi büyükelçiliklerde ve başkonsolosluklarda, Dışişleri Bakanlığı'nın uygun göreceği bir yöntemle yapılıyor.
Yönetmelikte de belirtildiği üzere bayrakları eskiyen vatandaşlar İlçe Kaymakamlığına giderek eskimiş olan Türk bayraklarını teslim etmeleri ve yenisiyle değiştirmeleri gerekmekte.